在一手建立的傭兵組織 Militaires Sans Frontières 被摧毀後，Big Boss 也陷入了長達九年的昏迷。醒來後，世界發生了翻天覆地的變化，而他重新建立了傭兵組織 Diamond Dogs。在名爲 Venom Snake 的代號下，他重新卷入了位于阿富汗的蘇聯入侵行動中，目的是尋找要爲襲擊 Militaires Sans Frontières 事件而負責的罪人。爲了達成複仇，他重新召集了他的勁敵 Ocelot 並與一批忠誠的戰士們相遇，譜寫新的曆程。他與 Kazuhira Miller 在複仇的過程中發現了名爲 Cipher 的組織正在開發一款甚至可以超越合金裝備的武器，而 Big Boss 的任務也迅速轉變爲消滅新的威脅。
Venom Snake | Big Boss
通常被稱爲 Big Boss，而 Venom Snake 是他行動的代號。傳奇般的傭兵戰士，建立了 Militaires Sans Frontières 和 Diamond Dogs，並且是 Diamond Dogs 的統領。因被炸彈炸傷，而陷入了長達九年的昏迷。之後建立 Diamond Dogs，並中深入阿富汗和非洲，在阿富汗戰爭中尋找摧毀了 Militaires Sans Frontières 要塞的罪人並予以複仇。
Kazuhira Miller
名字中 Kazuhira 的含義是「和平」，和 Big Boss 有著相同的理想，與他共同建立了 Militaires Sans Frontières，之後成爲了 Diamond Dogs 的戰略指揮官。
Ocelot
曾是蘇聯特種戰鬥小隊的指揮官，追隨 Big Boss 的助手，亦是一生的勁敵，Big Boss 的右眼便是他在以前打傷，負責 Diamond Dogs 的審問和人事工作。
Skull Face
有著十分悲慘的童年，致使他全身燒傷，掌管著秘密間諜部隊 XOF，並建立了新的特種部隊 Parasite Unit。
Quiet
參與了阿富汗戰爭的女性狙擊手，加入了 Big Boss 的 Diamond Dogs。Quiet 爲人沈默，她的身體經過實驗的改造擁有著超越常人的力量。
Paz Ortega Andrade
在 1974 年作爲間諜機關 Cipher 的一員，潛入了 Militaires Sans Frontières，最終導致 Militaires Sans Frontières 被搗毀。身爲 KGB 和 CIA 的多重間諜，僞裝成一位熱愛和平的哥斯達黎加少女。
Huey Emmerich
在 Militaires Sans Frontières 時期就幫助 Big Boss 和 Kazuhira Miller 研究與開發軍事裝備，Diamond Dogs 的首席科學家，並擁有自己的私人實驗室。
Ricardo Valenciano Libre
少年 Ricardo Valenciano Libre 是哥斯達黎加地方民兵反抗組織「桑地諾民族解放陣線」的一員，有一個叫做 Amanda 的姐姐，而他的哥哥則是當地反抗軍的首領，與 Paz 一同被捕並被審問。
